Se le batterie sono collegate giuste e se l'alternatore ha il solo regolatore di tensione interno e non un sistema di carica 'intelligente' potrebbe essere solo quello che fà un impianto di tipo 'automobilistico' e cioè:
La batteria motore resta sempre carica se fa solo qualche avviamento e quindi, messa sotto CB è subito carica al max; se la batteria servizi invece era abbastanza scarica il regolatore dell'alternatore dà carica max, forse 30 A, finchè la tensione non risale un po', poi passa al minimo, tipicamente meno di 5 A, e la batteria non si carica completamente neanche dopo ore.
La cosa è particolarmente pronunciata se la batteria è 'stanca' e sale subito di tensione con poca carica (elevata resistenza), se fosse questo il caso sostituirla potrebbe migliorare un po'.
Per ottimizzare invece bisognerebbe montare un regolatore 'Intelligente', meglio con un alternatore di potenza con eccitazione esterna comandata dal regolatore e relè di parallelo, che può essere azionato dal regolatore stesso.
Io ho cambiato tutto più di 20 anni fa e non mi serve attaccarmi in banchina se non quando resto fermo per giorni.